Qual é a diferença entre tomcat e websphere

A diferença básica é que o Tomacat é um servidor da Web, enquanto o Websphere é um servidor de aplicativos. O Tomcat não substitui o EJB, mas o Websphere.

O WebServer é um aplicativo de servidor que recebe a solicitação HTTP de algum cliente e responde de volta ao cliente com algumas informações

Servidor de aplicativos é outro aplicativo de servidor que processa a lógica de negócios que é gravada majoritariamente em EJBs. Os servidores de aplicativos não são de uso único, apenas o servidor da web comunica com o servidor de aplicativos e realiza as tarefas