Qual é a diferença entre "você diz" e "você está dizendo" na frase: eu não entendo o que você está dizendo / você diz?

"Não entendo o que você está dizendo" = não entendo agora.

Isso é comum e provável de se dizer no decorrer de uma conversa, quando a outra pessoa diz algo que você não consegue entender porque uma barreira do idioma ou que logicamente não faz sentido para você

"Eu não entendo o que você diz" = como regra geral, ou o tempo todo.

É difícil pensar em um contexto em que um falante nativo usaria essa frase em particular, a menos que você adicione uma cláusula subordinada. Por exemplo, se você está tentando ensinar uma criança a não falar com a boca cheia, pode dizer:

"Eu não entendo o que você diz quando está com a boca cheia."