Qual é a diferença entre altura e profundidade?

Não é definido rigidamente conforme o uso, depende do contexto.

Profundidade geralmente se refere a algo que se estende para baixo, subterrâneo ou abaixo do nível (mas nem sempre).

Por outro lado, altura, refere-se a algo que se estende para cima, acima do solo ou nivelado ou elevação do piso acabado (mas nem sempre).

Espero que isso não aumente a confusão.

TS