Quais são as diferenças entre rnai e microrna artificial?

Apenas para esclarecer algumas nomenclaturas: o RNAi é um mecanismo (não uma molécula), do qual a via do microRNA é (sem dúvida) um subconjunto de.

Acho que você deve estar se perguntando: qual é a diferença entre shRNA e microRNA artificial. Qualquer uma dessas moléculas são as entidades que realmente acionam o mecanismo RNAi.

Muitas pessoas fazem todo tipo de variação na estrutura canônica do shRNA, mas, em geral, a região duplex é completamente complementar entre si e tem 19 a 20 (ou 21) pb de duplex. Para o shRNA, não se pode controlar completamente a uniformidade do shRNA final, porque a maquinaria transcricional sempre terá alguma heterogeneidade nas extremidades 5 'e 3'.

Para shRNA ou miRNA artificial, o promotor e a sequência de loop são críticos. Existem algumas publicações sobre como otimizar a estrutura / sequência do loop (Pubmed 23141545), e os testes de alto rendimento tentaram otimizar o design do shRNA (Pubmed 21353615), portanto, se começar do zero, considere começar por aí ou dê uma olhada no seminal artigos que essas publicações fazem referência.

O conceito de miRNA artificial surgiu principalmente devido ao efeito tóxico (hepato) observado em mamíferos de gerar muito shRNA precursor a partir de fortes promotores de U6. Provavelmente, seria possível aliviar isso alterando o promotor ou fazer o que Boudreaux et al. (Pubmed 19002161) e criar os miRNAs artificiais, como você disse.

Então, acho que depende se você está tentando criar seus mutantes em mamíferos ou não.

Não vejo a decisão entre o shRNA e o miRNA artificial ser o principal fator para obter um forte nocaute genético para transformar seu mutante. Em vez disso, é provável que a sequência e quão bem o mecanismo de RNAi da célula processe o shRNA / miRNA para produzir altos níveis de fita guia carregada com Ago2.

Além dos artigos mencionados acima, provavelmente existem muitos artigos do Pubmed que discutem como construir cassetes shRNA. Mas, para o miRNA artificial, você pode tentar o Pubmed 22365779.

Ou, é claro, você pode criar seus mutantes usando as novas e quentes tecnologias de edição de genes, como o CRISPR.