Diferença entre arquivos

Um arquivo é uma maneira de armazenar informações. Normalmente, ele é armazenado no disco, mas existem outros meios de armazenamento (fita, cartão SD, memória ram, saída)

Um programa é um conjunto de instruções que a CPU pode interpretar. Este conjunto pode ser armazenado em um arquivo. Quando você tenta executar o conjunto, a CPU lança um erro (código não executável, erro em xxxx) ou executa seu programa.

Se você está tentando determinar se um arquivo é executável, provavelmente deseja examinar

Permissões do sistema de arquivos - Wikipedia