Alternativa flexível

Flex como uma estrutura de desenvolvimento é definitivamente suportado no Linux, já que os compiladores e ferramentas são implementados em Java.

O que você quis dizer é se os aplicativos Flex que visam tempos de execução do Flash são suportados no Linux. No caso do Flash Player, a Adobe está fazendo parceria com o Google para fornecer a versão oficial e compatível do Flash Player no Linux (consulte http://blogs.adobe.com/flashplayer/2012/02/adobe-and-google-partnering-for- flash-player-on-linux.html) para que os aplicativos in-borwser desenvolvidos no Flex continuem a ser suportados no Linux.

Quanto ao Adobe AIR, a Adobe abandonou o suporte para Linux, mas oferece os códigos-fonte se alguém quiser pegá-lo e fornecer sua implementação do AIR no Linux.